كان لمحمد بن أبي بكر مكانة رفيعة عند علي بن أبي طالب وأولاده، قام علي بن أبي طالب باستعماله والياً على مصر، إلّا أنّ هناك رجل ناصبي قام بقتله بعد أن أخذ الأمر من عمرو بن العاص، يعد محمد بن أبي بكر من أهل السنة، فهو أخ عائشة زوجة النبي محمد، روى العديد من المؤرخون أنّ القوم كانوا يفضِّلونه وقد علّو شأنه بسبب حب علي بن أبي طالب له.
وتولى هو ـ عليه السلام ـ غسل أبيه ، والمسلم لا يجوز له أن يتولى غسل الكافر.
قال ابن تيمية: وليس مروان أولى بالفتنة والشر من محمد بن أبي بكر ولا هو أشهر بالعلم والدين منه بل أخرج أهل الصحاح عدة أحاديث عن مروان وله قول مع أهل الفتيا واختلف في صحبته ومحمد بن أبي بكر ليس بهذه المنزلة عند الناس ولم يدرك من حياة النبي صلى الله عليه وسلم إلا اشهرا قليلة من ذي القعدة إلى أول شهر ربيع الأول فإنه ولد بالشجرة لخمس بقين من ذي القعدة عام حجة الوداع.
وفي مقدمة ما يجب الاطلاع عليه من مراجع السيرة النبوية، بالعربية، كتب الحديث، والشمائل، والتفسير، وأسباب نزول القرآن، وأسباب ورود الحديث، ولا سبيل هنا إلى تسمية الكتب المصنفة في هذه المباحث، وأكثرها معروف.
فقتله ، ودسه في بطن حمار ميت ، وأحرقه.
وَقَالَ عَمْرُو بنُ دِيْنَارٍ: أُتِيَ بمحمد أسيرًا إلى عمرو بن العاص، فقلته - يَعْنِي: بِعُثْمَانَ.